Uma tradição oral da atual cidade de São Francisco do Glória dizia que os poços de águas minerais de Fervedouro foram encontrados, em plena mata virgem, por um grupo de tropeiros. Devido às bolhas que a fonte produzia, semelhante a água em ebulição, denominaram o lugar de "Fervedouro".

A origem atual ocorreu em 22 de julho de 1890 quando Joaquim Carlos Pereira, através de uma escritura pública, fez doação de uma área de dois alqueires de terras, dentro de sua propriedade, para alí se formar um arraial que teria a denominação de São Carlos. Entretanto, a área citada não se situava no atual perímetro urbano.

Para que o novo arraial ficasse perto das fontes de águas minerais, em 29 de agosto de 1891 o Sr. Joaquim ratificou sua doação, estabelecendo que o referido arraial que se denominaria de São Carlos iria para o local denominado de Fervedouro.

Estas escrituras foram lavradas por Augusto Anchieta de Carvalho, Escrivão de Paz e de Polícia, no Cartório do Distrito de São Francisco do Glória. As fontes de águas minerais atrairam a atenção de toda a região. Em 25 de julho de 1891, o engenheiro francês Henri Louis Xavier Bernard, proprietário da área dos poços e de grande parte da localidade de Bom Jardim, juntamente com o Bacharel Francisco Ribeiro Moura Escobar e o Capitão da Guarda Nacional Francisco José da Fraga Júnior, requereram da Intendência Municipal (hoje Prefeitura Municipal), a exemplo de requerimento semelhante dirigido ao Congresso Mineiro (Assembléia Legislativa e Senado Mineiro), o privilégio para uso e gozo, pelo prazo de 60 anos, de uma Estrada de Ferro que, partindo da cidade de Carangola, teria ponto final nas imediações da área dos poços de águas minerais. Apesar de ser conhecido como Fervedouro, o arraial recebeu o nome oficial de Santa Bárbara do Fervedouro.

A área era coberta por extensa mata, de difícil acesso, sendo que, em 1872, ocorreu a primeira expedição composta de médicos e farmacêuticos que, partindo de São Francisco do Glória, conseguiram fazer uma picada através da floresta e alí procederam aos primeiros exames químicos da composição da água dos poços. Em 1880, o Dr. Diogo de Vasconcelos, historiador da cidade de Ouro Preto, publicava um trabalho descrevendo as propriedades curativas encontradas nas águas de Fervedouro.

Apesar de existir uma estrada estreita ligando Carangola a São Francisco do Glória, o acesso a Fervedouro era muito difícil. Assim, em 2 de fevereiro de 1918, o então Secretário de Agricultura de Minas Gerais, Arthur Guimarães, autorizou à Prefeitura Municipal de Carangola a construir uma estrada de rodagem, ligando esta cidade até o local das fontes de águas minerais, denominado de Fervedouro, junto à povoação de Santa Bárbara. Em 27 de junho de 1937 o Prefeito Municipal de Carangola, Francisco Luis da Silva, inaugurava uma estrada de rodagem ligando Carangola aos povoados de Fervedouro e São Pedro do Glória. Em 1939 teve início, sob a direção de Jorge de Carvalho, engenheiro-chefe da firma Companhia Serviços de Engenharia S/A, a construção do trecho Fervedouro-São João do Manhuaçú, da Rodovia Rio-Bahia, que traria grande impulso ao crescimento do povoado. A ligação do ramal Carangola-Fervedouro teve início em 1944, tendo atingido Fervedouro em 1949, recebendo pavimentação asfáltica nos anos de 1965/1966.

A área dos poços de águas minerais passaram a ser de propriedade da Prefeitura de Carangola em 19 de fevereiro de 1944, sendo prefeito Waldemar Soarea de Souza. Este conseguiu um acordo com os descendentes de Henri Louis Xavier Bernard e a família Bernardo de Pinho, que incluiu, além de uma parcela em dinheiro, a cessão de 2.000 metros quadrados na área do atual perímetro urbano da cidade. O despacho do Interventor do Estado de Minas Gerais foi datado de 9 de julho de 1942, sendo registrado na Seção de Terras da Secretaria de Agricultura em 9 de fevereiro de 1943, no Distrito de Terras desta Zona em 13 de fevereiro de 1943 e no Cartório de Imóveis de Carangola nesta última data.

Em 26 de janeiro de 1950 a Administração Municipal, do prefeito Jonas Esteves Marques, terminava uma série de melhoramentos na área dos poços. Foi construída uma rampa ligando o hotel à variante Carangola-Fervedouro. Construiu-se uma piscina em substituição à casa de banhos além de uma construção de madeira no centro da lagoa rasa e o ajardinamento das áreas adjacentes.

Devido à emancipação político-administrativa de São Francisco do Glória, ocorrida em 12 de dezembro de 1953, mais tarde a povoação de Fervedouro foi elevada à condição de Distrito pela Lei n.º 326 de 19 de abril de 1963.

No período de 1961 a 1962 a pavimentação asfáltica da rodovia Rio-Bahia atingiu Fervedouro, propiciando condições para que a margem direita do córrego começasse a ser ocupada por estabelecimentos destinados a atender o trânsito daquela estrada.

Através do plebiscito de 15 de novembro de 1991, 2.715 eleitores votaram pela emancipação do Distrito. Pela Lei n.º 10.704 de 27/04/1992, Fervedouro foi elevado a condição de Município, tendo por Distritos a Sede, Bom Jesus do Madeira e São Pedro do Glória. E, finalmente, em 1º de janeiro de 1993 foi instalado o primeiro governo deste novo município.